- გენერალური კონფერენცია – UNESCO-ს ძირითადი მმართველი ორგანო, იკრიბება ორ წელიწადში ერთხელ. გენერალური კონფერენცია განსაზღვრავს ორგანიზაციის პოლიტიკასა და ძირითად მიმართულებებს. გენერალური კონფერენცია ამტკიცებს ორწლიან პროგრამასა და ბიუჯეტს (თითოეულ ქვეყანას ერთი ხმის უფლება აქვს), რომლის პროექტიც წინასწარ მუშავდება წევრი ქვეყნებისა და იუნესკოს სამდივნოს შორის კონსულტაციების შედეგად. გენერალურ კონფერენციაზე ასევე ხდება აღმასრულებელი საბჭოს წევრების არჩევა, ყოველ 4 წელიწადში გენერალური დირექტორის დანიშვნა და შუალედური სტრატეგიის შემუშავება.
- UNESCO-ს აღმასრულებელი საბჭო – იკრიბება საშუალოდ წელიწადში ორჯერ. აღმასრულებელი საბჭოს შემადგენლობა განისაზღვრება გენერალური კონფერენციის მიერ. ის შედგება 58 წევრი ქვეყნისაგან, რომელიც ირჩევა 4-წლიანი ვადით. თითოეული წევრი ქვეყანა ნიშნავს ერთ წარმომადგენელს. აღმასრულებელი საბჭო მონიტორინგს უწევს UNESCO-ს სამუშაო პროგრამას და შესაბამის ბიუჯეტს, უზრუნველყოფს გენერალური დირექტორის მიერ პროგრამის ეფექტურ და რაციონალურ შესრულებას, ამზადებს გენერალურ კონფერენციას და უზრუნველყოფს გენერალური კონფერენციის მიერ მიღებული გადაწყვეტილებების შესრულებას.
- სამდივნო – იუნესკოს აღმასრულებელი ორგანო. UNESCO -ს გენერალური დირექტორის სახელით, სამდივნო ახორციელებს იუნესკოს პროგრამას, რომელიც მიიღეს იუნესკოს წევრმა ქვეყნებმა გენერალურ კონფერენციაზე. UNESCO -ს სამდივნოში 2000-ზე მეტი თანამშრომელია საიდანაც 700 მუშაობს UNESCO-ს ოფისებში სხვადასხვა ქვეყნებში.
- UNESCO-ს წევრი ქვეყნების უმეტესობაში არის დაფუძნებული იუნესკოს საქმეთა ეროვნული კომისიები, რომლებიც აქტიურად არიან ჩართული თავის ქვეყნაში UNESCO-ს სამუშაო გეგმის განსაზღვრაში, განხორციელებაში, მონიტორინგსა და შეფასებაში. დღეისათვის მსოფლიოში შექმნილია 199 ეროვნული კომისია.
- გარდა ამისა, 184 წევრ ქვეყანას ჰყავს მუდმივი წარმომადგენლობა UNESCO-ში, ქ. პარიზში.
- 2017 წლის 15 ნოემბრიდან, UNESCO-ს გენერალური დირექტორია საფრანგეთის ყოფილი კულტურის მინისტრი, ქ-ნი ოდრე აზულე.